Проходил шикарный курс
https://www.coursera.org/course/hwswinterface oснованный на книге "Computer Systems: A Programmer's Perspective", которая так же есть и на русском в первом издании. Уровень сложности: средний.
Программирование МК в общем случае я бы не назвал системным программированием. Если Вы знаете Си, то объективных проблем с программированием МК, с использованием библиотек от производителя, быть не должно. Кстати плюсом будет иметь какие-то представления об электронике, но можно их приобретать и в процессе работы.
Когда немного освоитесь, возьмитесь за какую-нибудь RTOS, например ecos.
Удачи!
Простой
