Решение. Следующее
В папке с gitblit есть папочка data, помимо конфигурационных файлов там присутствует папка git. Там то и лежат все репозитории. Думаю установить на новом сервере gitblit и просто заменить папку data.
UPD: кстати конфиги пользователей с паролями, разрешениями и т.д. лежат там же в простом текстовом файле.