А что конкретно не получается, какую ошибку выдаёт?
Там же вроде всё описано.
Я делал просто bat-файл такого содержания:
cd $1
git ftp push
Потом в Custom Actions указывал путь к нему и передачу $REPO параметра.
Если через консоль работает, должно и через SourceTree работать.