Если сайт предоставляющий коммерческие услуги рекламирует на своем сайте чужие идентичные услуги - это верный сигнал к тому, что ранжировать его возможно стоит ниже других.
ЕМНИП что-то на эту тему было в правилах РСЯ/Adsense (например).
Lici: мне кажется, если есть специальная страница "партнеры" или что-то вроде этого, то могут быть исключения. В общем, сайт не должен перенаправлять свою аудиторию на другой, если это конечно не каталог и т.п.
Агрессивная, шокирующая и эмоциональная реклама - понижение в яндексе.
Весь первый экран забитый рекламой - возможно понижение в гугл.
В остальном не влияет 100%
Если реклама ухудшает восприятие основной информации, то может помешать.
В целом же, если не перегибать палку Яндекс и Гугл сами заинтересованы в первую очередь, чтобы реклама была на сайтах. Они же вам и рекомендацию дают как лучше её разместить.