Проблема связана с дисковой подсистемой. Во-первых проверьте, чтобы на диске было достаточно свободного места. Во-вторых убедитесь, что диски достаточно производительные, отсутствует фрагментация. Если диски старые и медленные, замените на новые и быстрые. Если у вас уже нормальные RAID или СХД, проверьте, всё ли с хранилищем в порядке, достаточно ли они выдают IOPS'ов в момент проявления проблемы.