Если ваши файлы секвенций в формате *.OBJ, вполне подойдет RealFlow. Он заточен под очень детальную геометрию. а именно — жидкости. Но он отлично импортирует в себя формат *.OBJ. Если знаете Python проблем не будет вообще. Если нет, на его родном
сайте есть целый арсенал готовых скриптов. Уверен вы найдете там нужный. Советую устанавливать его сразу с Render Kit.
Еще как вариант, это таки Blender. В
сети есть Python-скрипт, который позволяет это делать. Правда у меня сегодня не получилось его запустить. Может вам повезет. Там есть видео туториал.