Хороший вопрос.
Насколько помню, манчестерский код в мире Ethernet (речь, как я понял, именно об этой технологии) используется только в 10BASE-T реализации. В 100BASE-TX, если не путаю, используется расширительное кодирование 4B/5B, затем скремблирование (т.е. замена символов на другие), затем MLT-3. Предположу, что от манчестерского кодирования отказались по соображениям компактности спектра и других ВЧ-параметров (при использовании NRZI или MLT-3 наблюдается меньше фронтов). Кроме того, расширительное кодирование (4B/5B) позволяет использовать до 16 символов в качестве служебных (JK, TR в случае Ethernet 100BASE-TX). 100BASE-TX интерфейс, например, при отсутствии пользовательских данных постоянно шлет служебные символы, что позволяет быстро обнаружить потерю линка.
Скремблирование (100BASE-TX и выше), т.е. замена символов на другие, насколько мне известно, производится в случае использования витой пары для нормализации таких характеристик, как cross-talk.
Кстати, нашел интересную
картинку. И
статью.