Нету у панели ISP manager никакого «реестра», кроме своего конфига.
Просто в том же phpMyAdmin дайте привилегии свежесозданному юзеру БД на одну из БД, принадлежащих соответствующему системному пользователю. Убежден, что тогда юзер БД станет отображаться в панели.
В качестве второго варианта предлагаю посмотреть записи для других пользователей БД, как они хранятся в системной таблице mysql.user. Таких записей там должно быть по две для каждого юзера БД (по крайней мере так в Pro версии панели). Вполне возможно, что вы не создали одну из записей.