Мне кажется, разумно будет воспользоваться готовыми решениями. Например вот symfony.com/doc/current/components/config/index.html. Стоит предусмотреть некий уровень абстракции над конфигами, вдруг потом решите изменить способ хранения.
Матвей Мамонов: никто не говорит пользоваться фреймворком. Просто возьмите компонент конфига. Его нужно просто добавить в ваш composer.json сделать install и использовать =)
Матвей Мамонов: во первых, действительно, этот компонент можно использовать отдельно. во вторых, если это в самом деле большой проект не для себя одного, подумайте как вы будете осуществлять поддержку пользователей и обучение других разработчиков.