Спам фильтры стали почти как поисковики — подстраиваются под пользователя. Возможно, дело в этом.
С описанными симптомами предлагаю поступить так:
1. Исключить ошибку на своей стороне (точно недостающие 10% писем уходят?).
2. Настроить Postmaster Mail.ru, сверить количество отправок на мейлрушные адреса с числом писем, которое там фиксируется.
3. Написать в поддержку Mail.ru. Они помогают. В тикете привести пару примеров писем, которые не дошли (email и время отправки).
Для постоянного контроля можно
emailstream.ru подключить. Там можно как-то настроить мониторинг для автоматических писем (не пробовал).