Проблема была в том, что на GPT нельзя поставить Grub без боли, ведь он ставится только на MBR (диски объемом до 2ТБ). Долго думали и тупили, но решились сделать просто: взяли еще один хард на 500ГБ и поставили туда систему, а RAID просто подматали.
@nikweter а вот про LVM мы как-то даже не подумали. Опытом можете поделиться?
Всем спасибо!