файл style.css должен быть в теме обязательно, и там должна находиться декларация темы, иначе тема будет считаться поврежденной.
сами же стили можете подключить откуда угодно, в вашем случае подключаем так
function my_styles() {
wp_enqueue_style( 'my-style', get_stylesheet_uri() . '/css/style.css');
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'my_styles' );