Системное программирование в linux, разработка ЯП, написание драйверов/модулей ядра linux, иногда и просто для высокопроизводительных сетевых демонов используют.
Далеко не только Linux на Си. Ядро MS Windows так же во много на Си. FreeBSD и ядро MacOS на Си.
Системное программирование в целом очень сильно завязано на Си.