Недавно озадачился более автоматизированным способом заливки файлов на FTP и нашел вот такой вариант:
ramzes.ws/blog/synchronize-ftp
WinSCP у меня уже был установлен, поэтому просто дописал под него соответствующий скрипт и теперь можно выполнять синхронизацию как по расписанию, так и в ручном режиме.