Что-то с Апертурой вы намудрили.
Если не перемещать (или копировать) оригиналы в библиотеку, а оставить, где есть, то при изменении структуры библиотеки ничего она перемещать, понятно дело, не будет. Если переместить оригиналы в библиотеку, то, соответственно, будут они там лежать организованно.
Но не очень понимаю, как это всё мешает бэкапу.
Можете использовать Лайтрум, он работает со структурой папок на диске так, как вы хотите.