Используйте фреймворк (yii2 laravel4-5) дальше создаете консольные контролеры пишите свою реализацию
Вне public папке сойдете для себя readme-cron.md и записывайте
# Услуги, списать баланс раз в день в 24:00 по мск
0 0 * * * /usr/bin/php -f /home/user/data/www/setename.biz/yii service/index
Дальше редактируем крон файл, перезапускаем крон /etc/init.d/crond restart
Перенос сайта дело не частое, а файл поможет помнить что и когда было настроено.