Вызывайте снипет не кешированным.

Можно через снипет if проверять есть ли страницы пагинации.

[[Ditto? ...]]
[!if? is=`[+pages+]:!empty:` &then=`[+pages+]`!]

1. проблема, задайте в head
<base href="[[!++site_url]]">

2. По умолчанию 404 страница это главная. Если не поменять в конфигурации. Так что если вы не задали отдельную 404 страницу, то выглядеть будет как будто вы попали на главную.