Если стоит выбор netbeans или eclipse — то выбирайте eclipse у него побольше будет возможностей. От себя посоветую как уже писали выше IntelliJ IDEA — лучше пока ничего не видел.
Сам под Java не разрабатываю, но попробую ответить на часть вопросов.
IDE — попробуйте NetBeans, она первоначально для java-кодинга была создана, если не ошибаюсь.
Из «отличий Win/Lin платформ» вспоминаю такую проблему под линуксом (убунтой), что по умолчанию установлена java jdk не от sun, а openJDK. И чтобы что-то на java делать, приходилось удалять вторую и ставить первую. Помню, помучился с этим.
