PHP реализует только бэкенд сторону, а десктопное приложение и фронтенд и бэкенд и хранение данных и все что необходимо. Генерация HTML на стороне PHP не относится к фронтенд, поскольку непосредственно отображением не занимается. Если ваш код не проходил кодировку в байт-код (например zend guard) или обфускацию, то лучше написать десктопное приложение с нуля используя алгоритмы PHP кода. Это будет дешевле, чем пытаться превратить PHP в десктопное приложение, хотя чисто теоретически это возможно, например скомпилить приложение с вебвьюхой, развернуть на десктопе вебсервер и PHP парсер (ну и все что нужно для веб-приложения). В этом случае ваше приложение будет выступать в роли браузера.