варианта 2
первый — при создании проекта временно перенесите все файлы из папки проекта, создайте проект, в натройках укажите игнорировать содержимое этой директории, верните файлы.
второй вариант более логичен. так как сканирование происходит в фоновом режиме, вы можете сразу после создания проекта добавить в игнор эту директорию.