Если это касается настольного компьютера, то простой способ поставитьк какой-нить TrueCrypt, завести шифрованный раздел и все файлы с почтовыми ящиками держать в нем. Уходишь - выключил комп, и никто не сможет без пароля залезть в почтовый ящик на криптованном диске.
Если ноут - такое решение тоже может подойти, но нужно размонтировать диск при засыпании, или делать это вручную.