На авианосце, наверняка, огромное количество блоков управления, датчиков, микроконтроллеров и микропроцессоров, а так же более крупных управляющих узлов. И для каждого из них нужна своя программа. А может быть, и специально настроенная операционная система. Все ли датчики и блоки управления дублируются - вероятно, зависит от их важности. Иногда дешевле и надёжнее продублировать, иногда поставить периодическое тестирование, иногда предусмотреть работу при отказавшем узле. Предусмотрено ли несколько версий программ управления на случай "если в одной версии оказалась ошибка - поставим другую" - не уверен. Разве что на время очередного апгрейда и тестирования в реальных условиях.
Но это всё догадки.