Сравнение не совсем корректное. Если Вы пишете серверную сторону на JavaScript под Node.js, то используете встроенный http сервер (express это надстройка над встроенным сервером, мало имеющая отнощения к веб-серверу вообще), а если пишете на PHP или другом языке, работающим через CGI с Apache, то используете Apache.