Добавляю анимацию на множество DOM элементов и храню идентификатор setInterval в объекте с ключем - уникальный идентификатор DOM элемента
Вот тут уже жесть!
Каждый расчет обрабатывается кадром. У вас должен быть один таймер, а переменных - много: для каждого объекта.
Начните с изучения game-dev.