Обычно вредоносное ПО прячут, легальные задачи такими способами не решаются.
Правильно делать политиками безопасности и правами.
Т.к. задача носит административный характер можно отслеживать наличие программы и воздействовать на особо умного пользователя с правами админа.
Для бекапа держать программу в памяти смысла нет, бекап по определению разовая операция - которую можно политиками вызывать при входе или выходе из системы.
А вот блокировщик вполне может висеть.
Во-вторых фиксирование настроек рабочего стола вполне можно реализовать политиками безопасности, но уже не по отношению к вашей программе, а к всему рабочему столу.