Знакомая ситуация. Если нужно просто распарсить PDF, а потом вывести как flash, то можно попробовать такой набор утилит:
1.
http://www.swftools.org/
Но у него есть тонкости в конвертации, нужно «умело» ручками подбирать некоторые ключи.
Раньше была утилита
2.
http://www.freewaregenius.com/2007/11/27/swf-printer-pro/, но ей уже 5 лет, при этом она «зашивает» документ во viewer, что может создавать неудобства.
3. В дополнение может быть ещё поможет этот набор инструментов для работы с PDF в Ubuntu:
pdf2djvu — PDF to DjVu converter
pdf2svg — converts PDF documents to SVG files (one per page)
pdfchain — a graphical user interface for the PDF Tool Kit
pdfcrack — PDF files password cracker
pdfcube — PDF document viewer with 3D effects
pdfedit — Editor for manipulating PDF documents
pdfjam — collection of PDF document handling utilities
pdfposter — scale and tile PDF images/pages to print on multiple pages
pdfresurrect — tool for extracting/scrubbing versioning data from PDF documents
pdfsam — PDF Split and Merge
pdfshuffler — merge, split and re-arrange pages from PDF documents
pdftk — tool for manipulating PDF documents
(в своих старых записках нашёл ;)