Напрашивается Битрикс, но у него из коробки интеграция работает так, что придется всю структуру каталога под нее подгонять, а не наоборот. Если хочется оптимальной и удобной структуры данных для каталога, где бы не было ничего лишнего, и все было разложено по полочкам, то без разницы, какая CMS - все равно придется изучить CommerceML и ручками написать интеграцию. Что, в принципе, не так уж и сложно. Это чисто мое мнение.