В друпале 6 еще нельзя обновлять через веб, так что просто догадки: если нужно через веб — пишем скрипт который залогинится (используя curl) и так же дернет нужный адрес. В цикле для каждого сайта.
Мультисатинг прежде всего нужен там, где необходимо иметь общую базу/часть таблиц. Для масс хостинга не подходит — низкая изоляция.
А автоматически обновлять можно drush и скриптами.
Кстати, если сайты не идентичны, автоматическое обновление может доставить массу проблем. Модули всё же бывают имеют ошибки, несовместимости и изменения api.