Есть конфиги для каждого домена такого вида
....
server_name host.[net,ru,com,by];
ssl_certificate /path/to/cert/host.[net,ru,com,by].crt;
ssl_certificate_key /path/to/cert/host.[net,ru,com,by].key;
ssl_session_cache shared:SSL:10m;
ssl_session_timeout 10m;
ssl_protocols TLSv1 TLSv1.1 TLSv1.2;
ssl_ciphers kEECDH+AES128:kEECDH:kEDH:-3DES:kRSA+AES128:kEDH+3DES:DES-CBC3-SHA:!RC4:!aNULL:!eNULL:!MD5:!EXPORT:!LOW:!SEED:!CAMELLIA:!IDEA:!PSK:!SRP:!SSLv2;
ssl_prefer_server_ciphers on;
add_header Strict-Transport-Security max-age=63072000;
add_header X-Content-Type-Options nosniff;
.....
В некоторых браузерах(IE, Firefox, etc..) заходя на домен .net подгружает левый сертификат, обычно для домена .by. И соответственно браузер ругается на несоответсвие домена и сертификата, похожих ситуаций нашел, те методы решения не помогли.
p.s.
Nginx собран с поддержкой SNI