Либо использовать что то кросс платформенное типа того же qutIM и и хранить логи гдето в одном месте или синхронизировать их(как это отдельный вопрос :) ), либо как вариант использовать онлайн типа meebo, минус логи лежат у 3 лица + надо запускать браузер клиента для веб клиента
Как вариант qip под wine (подходит только тем, кто жутко привык к этому клиенту под win)
Он может хранить историю как в файлах на броськоробке так и онлайн на своих серверах