Я бы сделал по другому: сначала на чистом движке считаете контрольную сумму всех файлов (чтобы нельзя было изменить файл), а также контрольную сумму списка файлов (чтобы нельзя было добавить или удалить файл). А затем каждые 24 часа проводите тоже самое, а затем сравниваете результаты: если контрольные суммы равны, то все ОК, а иначе — тревога.
А еще есть бекапы.
Антивирусов таких, я думаю, просто не существует.