Хотелось бы такой софт, в котором можно рисовать красивые концептуальные диаграммы проекта («реализации» проекта) — наподобие такой, а ещё лучше — если они будут такие же «представительные», как в MindManager (пример).
Это, конечно, банально, но я бы предложил использовать Microsoft Office Visio. Из плюсов — привычный интерфейс, наличие большого количества готовых наборов фигур (stencils).