python script.py `ps -U user | grep program | grep -v grep | awk '{print $1}'`
Это выполнит команду и передаст результат как аргумент в скрипт.
В скрипте доступ к аргументу можно получить вот так:
import sys
if __name__ == '__main__':
pid = sys.argv[1]
print(pid)