Самба прописывает в домене кучу служебной информации о домене и контроллерах.
А также о регистрируемых в домене компах, что требует динамического обновления зоны.
Как прикрутить к внешнему bind есть в самбовой вики:
https://wiki.samba.org/index.php/DNS_Backend_BIND#...
В частности, там говорится:
Note: BIND must be installed on the same machine as Samba AD DC. Since BIND DLZ module accesses AD database directly, BIND for AD zones must be on the same machine.
Мне кажется, гораздо проще сделать для самбы поддомен и из основного делегировать его на самба-сервер, со своим встроенным dns.