Моим советом по отслеживанию изменений при помощи виртуалки Вы не воспользовались?
Снимок системы умеет делать, к примеру, Thinstall virtualization suite. То есть вы сканируете виртуалку первый раз, потом ставите тему, потом сканируете второй раз на предмет изменений - и сохраняете эти изменения в отдельный каталог (вместе с ключами реестра и т. п.)
И вот у Вас на руках полное досье, что затрагивает этот скин-пак, а оттуда уже можно смотреть что делать.
