fuser возвращает PID процессов использующих файл. (в вашем случае это похоже файлы сессий из PHP). Я подозреваю кривой код или кривые настройки, почему ему нужно 200% CPU объяснить не могу.
Вы правы это php сессии, большими эти файл не становтся, но при каждом запросе регенерится новый ID сессии, таким образом кол-во файлов в папке /var/lib/php5 увеличивается и увеличивается… спасибо, Проблемная область ясна. помониторю, пересмотрю натсройки.