Посоветуйте книги или статьи по настройке безопасности веб-сервера на линуксе. Т.е. настройка пользователей, ограничения доступа к различным каталогам, настройка apache,mysql и т.п. Желательно не сухие маны, а с примерами на каком-нибудь популярном дистрибутиве.
Читайте комментарии в конфиге апача. Основная идея в том, чтобы код каждого пользователя, работал с правами этого пользователя. Для этого у апача существует несколько модулей mpm-peruser, mpm-itk.