Есть большой текстовый файл с текстом на русском языке. Нужно найти самые популярные слова. Хотелось бы, чтобы анализатор выкинул все предлоги и учел возможные формы слова (т.е. например, "телефон" и "телефона" считал как одно слово "телефон"). Есть ли такие инструменты?
Да. Из простого можете взять яндекс mystem. https://tech.yandex.ru/mystem/
Она приведет все слова к нормальной форме, а уж посчитать их, я думаю сами справитесь (из коробки вроде не считает).