Подойдет любой древовидный редактор или редактор с вики-подобной структурой.
Из древовидных могу посоветовать
KeepNote, из вики-подобных —
Tomboy.
Хотя это и не специализированные программы для ведения FAQ, с задачей они вполне справятся.
А их универсальность позволит использовать их и для других целей.