Если я правильно понял ваш вопрос, то так:
FirefoxProfile firefoxProfile = new FirefoxProfile();
WebDriver driver = new FirefoxDriver(firefoxProfile);
Данный код запустит FF, который у вас установлен.
в Profile можете передать нужные флаги, поддержку нативных событий и прочие действия.
Тут более подробная документация по FF
https://code.google.com/p/selenium/wiki/FirefoxDriver