На самом деле, SQLAlchemy делится на 2 части: работа с БД (то, что ты хочешь) и отдельно ОРМ (который, естественно, медленнее, чем работа напрямую с БД).
Так вот, если не нужно ОРМ - не используй. Захочешь использовать модели - пожалуйста. При этом, тебе не потребуется менять библиотеки и переписывать весь код. Плюс, единообразие при работе с любыми БД.
UPD
Тут неправду пишут, что использование ОРМ всегда лучше. ОРМ всегда медленнее, нежели работа напрямую. Плюс, ты не всегда сможешь выразить на языке ОРМ то, что нужно.
На хабре часто упоминается, что для простых ненагруженных вещей люди используют JPA ORM (это для java). Когда нагрузки возрастают, переходят на "прямые" запросы. Вот только фишка в том, что эти запросы обычно описываются в неком унифицированном виде (на неком специальном варианте SQL). Таким образом, и без использования ОРМ можно не привязываться к конкретной СУБД.
Так вот алхимия как раз-таки позволяет использовать как унифицированный интерфейс для работы с БД без ОРМ (это sqlalchemy core), так и строить поверх него отображения на модели (sqlalchemy orm).