Используем в Production у себя и разворачиваем у Заказчиков, как vSphere 4.1, так и vSphere 5.0. В инсталляциях более одного сервера, базы, как правило, размещаются на виртуальных дисках, хранящихся на СХД. Проблем не наблюдали. Рекомендую перед развертыванием ознакомиться с best practices от вендоров (VMware, Microsoft).
Самая большая проблема в развертывании — это лицензирование SQL в виртуальной среде, зачастую, стоимость лицензий может превышать плюсы от виртуализации.