Во-первых, хорошо было бы узнать, откуда задача возникла, и какой смысл в ее решении (т.е. что вам даст/должно дать знание топологии). Трафик снимается из одной точки сети или из нескольких? Пример дампа можете привести?
Я предполагаю, что в сети используется IPv4, инкапсулированный в Ethernet. В таком случае, на мой взгляд, сначала имеет смысл построить граф взаимодействия Ethernet-хостов (аналог в wireshark: statistics -> conversations -> ethernet). Затем, для каждого ethernet-хоста (определяемого unicast MAC-адресом) ставите в соответствие IPv4-адрес инкапсулированного IPv4-пакета (MAC-адресу источника ставите в соответствие IPv4-адрес источника, аналогично с адресами назначения). У вас получается вид топологии сети из точки, в которой происходил захват трафика. На мой взгляд, если нужна топология всей сети, то и трафик захватывать надо с каждого L2-домена.