Потому что он лучше, мощнее, удобнее. Понимает SNMP, умеет сканировать сеть, добавлять хосты в базу автоматически, опять же его удобнее пользовать, через вебморду. Это вам не Nagios где все в CFG
При прочих равных Icinga функциональней Nagios Core. Но при этом она требовательней по готовности инфраструктуры.
С учётом выхода и быстрого развития Icinga Director, часть вопросов авто поиска и автоматической конфигурации системы - снимается. Но пока только часть.
По хорошему ответ будет после анализа ТЗ и ваших ресурсов на поддержку и развитие системы.