Сам по образованию астрофизик, заканчивал физический факультет МГУ (там есть отедлении астрономии). сейчас работаю над баллистическими задачами во ВНИИЭМ. Кстати, начальник закачивал отеделение астрономии на матмехе СПбГУ.
В Москве есть еще кафедра астрофизики в физтехе. Крупное астрономическое отделение в Казанском университете. Есть еще кафедры в Ростове, в Екатеренбурге и Новосибирске.
Основной хлеб астрономов это прикладные задачи: задачи небесной механики, сферической астрономии и гравиметрии, мониторинг ближнего космоса. Однако у нас есть крупные обсерватории это ГАИ, ГАИШ, САО.
После возвращения Крыма есть шанс на возрождение КрАО (кстати, украинцы умудрились ее разорить фактически за два года, а до этого после развала СССР она более-менее существовала как база ГАИШ).
Научными космическими проектами у нас занимается НПО им. Лавочкина, ИКИ, ИНАСАН.
С точки зрения языков программирования - вам дадут базу типа Си и матлаба, все остальное придется изучать самому. Это минус, но широкая физическая и математическая подготовка - это ОГРОМНЫЙ плюс.
Кстати, режим учебы на 4-5 курсе в МГУ позволяет посещать спецкурсы и лекции на мехмате - рекомедую воспользоваться.