Используйте родную для *NIX систему - X Window.
На десктопе поднимаете sshd, добавляете в файл /etc/ssh/sshd_config
AllowTcpForwarding yes
X11Forwarding yes
X11DisplayOffset 10
X11UseLocalhost yes
Перезапускаете sshd.
На нетбуке выполняете
xhost +
После этого он будет принимать обращения к X Window с других компьютеров.
Добавляете в /etc/ssh/ssh_config
ForwardAgent yes
ForwardX11 yes
Соединяетесь с десктопом по ssh
ssh -Y user@desktop
и запускаете графическое приложение.