Подключил через кабель телефон в комп
Если кабель посредственный, то "копироваться" (точнее не копироваться) могло практически всё, что угодно. Особенно когда фотографий на телефоне много.
Не заметил что на флешке, лишь в 50% папках есть фотографии после "успешного" переноса
Вот тут неплохо было бы также обратить внимание на качество и состояние флешки.
Пробовал восстанавливать через 3-4 программы на компьютере и через 2-3 на самом телефоне ... Как бы восстановить?
С телефоном непросто. Если он не сильно старый, то до нужного уровня работы с его памятью в домашних условиях либо не добраться вообще (более вероятно), либо потребуются специфические для конкретной модели ухищрения. Если телефон - Самсунг, то их Knox, скорее всего, дополнительно усложнит процесс.
Все хоть сколько-то современные смартфоны подключаются к компьютеру по MTP, а не как USB Mass Storage. В результате сканировать их для восстановления информации не получится.
Если хотите пробовать восстановление с телефона, то прекращайте им пользоваться (отключайте) и обращайтесь в специализированную компанию, у которой есть, как минимум, софт для криминалистики (forensic).
Самостоятельно можно попробовать вытащить потерянные файлы с флэшки, просканировав её в надежде, что туда всё-таки что-то скопировалось, просто не совсем так, как должно было.
Для такого восстановления можете взять, например, наш
R.saver, (бесплатный, установки не требует), либо другую удобную вам программу.
Делайте полное сканирование и смотрите результат. На саму флешку больше ничего не записывайте. Также хорошо бы до сканирования на всякий случай скопировать с неё всё, что там есть (и хотя бы бегло посмотреть не битые ли на ней файлы).