Без комплексных проверок технички и семантики на вопрос ответить нельзя. Может быть, есть проблемы с рендерингом для Яндекс. Может быть - с доступностью. Может быть, страница менее соответствует запросу, чем прочие.
Canonical - это в принципе рекомендация для Яндекса со стороны вебмастера, благое пожелание. И Яндекс эти пожелания благополучно игнорирует, если у него хватает более интересных сигналов много поведенческих и трафиковых, например.
Стоит начать хотя бы с проверки сохранённой версии для страницы, проверки рендеринга на эмуляции, аудита логов.