WordPress использует обе ссылки, так как контент должен быть по логике доступен и так, и так. Урл разные, контент дублирующий. С точки зрения SEO решается с использованием rel="canonical", если надо что-то дополнительно делать - есть разные варианты.
Тут интересное обсуждение (англ), возможно поможет.
Не совсем понятно что означает "задать приоритет рубрик". Что конкретно надо сделать?