Возможно, речь о следующем:
1) прилетает архив с файлом (или файлами) обмена,
2) при распаковке в папке обмена возникает пустой файл,
3) если тот же архив распаковать вручную, то всё ок.
Это какая-то ошибка, которая проявляется у класса CZip на новых версиях PHP. Чтобы её обойти - кажется, надо просто установить расширение php_zip, чтобы CZip не использовался.